A Szent István Egyetemen - a Szenátus által, 2020. január 29-én elfogadott Szervezeti és Működési Rend alapján - a rektor közvetlen irányításával intézetek alakultak meg.
Rektor közvetlen irányítása alá tartozó intézetek:
- Matematika és Természettudományi Alapok Intézet: feladata összegyetemi szinten a hozzá tartozó diszciplínák (matematika, statisztika kivéve ökonometria) oktatásának összehangolása, az oktatás megszervezése és végrehajtása, továbbá a tantárgyai programok fejlesztése, az intézet profiljába illeszkedő tudományos kutatások végzése.
- Idegennyelvi Intézet: feladata az idegennyelv oktatása és az oktatás megszervezése összegyetemi szinten – ideértve a magyar, mint idegen nyelv oktatását is –, valamint az oktatáshoz szükséges tananyagok tartalmi és módszertani fejlesztése.
- Regionális Egyetemi Tudásközpont: feladata fókuszált kutatás-fejlesztési és innovációs tevékenységek folytatása vállalkozásokkal és más, kutatásban, innovációban érdekelt szervezetekkel együttműködve.
- Testnevelési Intézet: feladata a testnevelés oktatásával összefüggő feladatok ellátása és az oktatás megszervezése összegyetemi szinten.
- Öntözési és Vízgazdálkodási Intézet
A karokon lévő intézetek szervezik és koordinálják a szakterületükhöz tartozó diszciplínák oktatási és kutatási feladatait, melynek keretében gondoskodnak a hozzá tartozó tantárgyak oktatásának megszervezéséről, koordinálásáról és ellenőrzéséről, valamint biztosítják a tudományos utánpótlás nevelését, menedzselését.